日本臨床腸内微生物学会誌は、原著論文、総説論文、短報、特別寄稿などを掲載する。
1.投稿者の資格
投稿原稿の筆頭著者（連絡先著者）ならびに共著者は日本臨床腸内微生物学会会員に限る．ただし，総説，特別寄稿等に関しては，本学会の会員に限定しない.
2.論文の作成および投稿に関しての留意点
1)投稿論文は，国内外の他雑誌に掲載されていない論文，あるいは現在投稿中でない論文に限る．
2)動物実験は動物実験倫理指針に沿って実施されたものでなくてはならない.動物実験倫理指針に従って実施された旨を，論文に記載する．
3)臨床試験は著者の所属する施設等の倫理委員会の承認を得て行ったものでなくてはならない.承認した倫理委員会名，承認番号，承認年月日を論文中に記載する．
4)投稿原稿は原則的に原著論文形式とし，論文題名，著者名，所属先名，和文要旨，索引用語，本文，引用文献，英文要旨，図表の順に記載する．図表の説明は日本語とする．なお受理された論文原稿等は返却しない．
5)総説論文形式を受け付ける場合でも，形式については投稿論文と同様である.
6)英文要旨は，論文タイトル，著者名，所属施設名を含めて，A4用紙に12ポイント文字ダブルスペース1枚（200words程度）とする．
3.執筆要項
投稿原稿については，原則として文字数および図，表の数を制限しない．執筆にあたっては，以下に従って作成する．
1)記述は現代仮名遣いに従い，原則として常用漢字を用い，度量衝はCGS単位に限る．外国人名，薬品名などの化学用語は原語を用いる．
2)文書はMicrosoft Word 2000以降で作成し，図表および写真はそのまま印刷出来る明瞭なものとし，Microsoft PowerPoint 2000以降で作成するか，JPEG形式（BMP形式、TIFF形式、PDF形式、EPS形式などでも可）を用いる．また，写真は原則としてモノクロとするが、カラーも受け付ける．
3) 論文にしばしば繰り返して用いる語は略語を用いて差し支えないが，初出の時は完全な用語を用い，以下に略語を使用することを明記する．
4) 抗微生物薬の一般名の略語については日本化学療法学会の略語を使用する．
5) 謝辞は本人の了承を得たうえで記述する．
4.文献の記載方法
文献の記載方法は，以下に従って作成する．
1)文献は必要最小限にとどめ，記載順序は引用順に一連番号とし，本文中の相当する箇所の右肩に番号を付す．
2) 著者名は3名までを併記し，それ以上は「他」または「et al.」とする．雑誌の場合は「著者名：題名．雑誌名，巻：初頁～終頁，西暦年号．」の順に記す．単行本の場合は「著者名：題名．監修者，書名，巻（版数），発行所，発行地，初頁～終頁，発行年．」の順に記す．
3) 略誌名に関して，邦文文献は医学中央雑誌収録目録の略名を使用し，欧文文献はIndex Medicusに従う．
4)投稿論文に他雑誌等の図表を転載する場合、あらかじめ転載許可を受ける.その際，転載した図表には，転載許可を得た旨の記載をする．
5)利益相反(Conflict of Interest: COI)について
投稿原稿の最初に、COI開示として必要事項を以下の例を参考にして記載しなくてはならない.
①申告すべきCOI状態がない場合
記載例：発表内容に関連し、開示すべきCOI関係にある企業などは無い.
②申告すべきCOI状態がある場合
記載例：役員・顧問：あり（XX社）、株保有状態：あり（YY社）、特許使用料：なし、講演料・原稿料：あり(ZZ社)、受託研究費・共同研究費・奨学寄附金：あり（XY社）、寄付講座所属(YZ社)
5.投稿方法と投稿先
原稿はメール添付（下記アドレス宛）または記憶媒体（CD，USBフラッシュメモリー）を下記宛てに書留郵便にて送付する．
投稿論文には投稿者の名前，連絡先（住所，電話番号，FAX番号，E-Mail）を添える．
投稿先：
日本臨床腸内微生物学会 編集委員会
〒113-0001 東京都文京区白山1-13-7
アクア白山ビル5F 勝美印刷(株)内
E-mail:jscsim@shobix.co.jp
6.投稿論文の査読
投稿論文は本会の編集委員会が主体となり、本会査読規程に則り査読を行う。査読結果により、投稿論文の本会誌への掲載もしくは不掲載が決定される.
7.著作権
本誌に掲載された論文等の著作権は、日本臨床腸内微生物学会に帰属する。
8.規程の改定
本規程の改定は理事・評議員会での議を経て承認を得るものとする。
9.付則
本規程は2023年9月26日よりこれを施行する。
